The Cancer Genome Atlas(TCGA)では膨大ながん関連遺伝子発現データや腫瘍画像データが公開されており、日々がん研究に役立てられています。
今回は、The Cancer Genome AtlasからRNA-seqの発現量データをLinuxコマンドで一括ダウンロードする方法を説明します。
続きを読む The Cancer Genome Atlas(TCGA)からRNA-seqデータを一括ダウンロードする
タグ一覧
初心者向け (25)
ツール (19) NGS (18) バイオインフォマティクス解析 (14) データベース (8) トラブルシューティング (5) サービス (5) トリミング (1) メタゲノム (1) 中級者向け (1) |
久しぶりの更新となってしまい申し訳ありません。
今回は初心に帰ってFASTAファイルについてになります。 FASTAファイルはバイオインフォマティクスをやっていなくてもご利用されている方もいらっしゃるかと思います。 そうでない方も、シンプルなのにたくさんの情報が詰まった便利なファイルですので是非ご確認ください。 続きを読む FASTAファイルについて →
NGS フリーソフトにて配布を始めました「VCF to Table」の使い方をご説明いたします。このソフトは変異のステータスを記述するのによく用いられるファイル形式である VCF ファイルをエクセルで見やすよう変換いたします。 続きを読む VCF to Table の使い方 →
今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt （更新日時 2018/11/20 21:48:00）です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ →
次世代シーケンサー（NGS）を使った研究において、メタゲノム解析は最もホットな手法の一つなのではないでしょうか。今回はメタゲノム解析ってつまり何か、何をしているのか、というところをお話しようと思います。 続きを読む メタゲノム解析って？ →
DNA で方向といえばセンス鎖、アンチセンス鎖、5'端、3'端といったワードが思いつきますが、ここでお話しするのはこれらにあまり関係がありません（全く関係ないわけではないです）。 続きを読む ペアシーケンス時の方向の情報はどう使うか →
次世代シーケンサー（NGS）では、機種以外に機種ごとにシーケンスの手法を選ぶことができます。配列断片から単純に数百 base シーケンスするほかに、「同じ配列断片から複数個所シーケンスする」手法があります。有名なので例を挙げると Paired-End のことです。これに、どんな利点があるのかお話いたします。 続きを読む 同じ配列断片から複数個所シーケンスする利点とは →
NGS フリーソフトにて配布を始めました「FASTA status」の使い方をご説明いたします。このソフトは NGS 解析でよく用いられる配列データファイル形式である FASTA ファイルのデータからステータスを計算します。 続きを読む FASTA status の使い方 →
前回の「次世代シーケンサー(NGS)とは」「NGS解析の仕組み」の続きです。NGSの解析を実際に行うには、実験計画と前回お話した2次解析であるドライの計画をしっかり立てることが重要です。 続きを読む NGSを活用する際の注意点 →
前回の「次世代シーケンサー(NGS)とは」の続きです。NGSの解析は大きく分けて二段階あります。それはウェットと呼ばれる試薬などを使った実験室での作業とドライと呼ばれるコンピューターの計算を使った作業です。 続きを読む NGS解析の仕組み →
|